警方為應付未確認生命體而開發了G3系統，這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行解碼。當未確認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失憶

少女沙织（柴崎幸 Kou Shibasaki饰）与母亲相依为命，父亲卑弥呼（田中泯 Min Tanaka饰）因为是一名同志而抛弃母女二人，离家多年。沙织一直生活在破碎的家庭阴影中，然而母亲也因癌症离她而去。一天，一位神秘男子春彦（小田切让 J Odagiri饰）找到沙织，告知她的父亲即将不久于人世，